周阿亚同志自1999年9月担任保卫处（部）党支部书记以来，在校党委、校行政的领导下，针对新形势下高校安全保卫的发展趋势，认真研究制订学校保卫工作的改革和发展的战略规划，领导全处党员干部，充分发挥基层党支部战斗堡垒作用和党员先锋模范带头作用，积极投身学校的建设和发展，使合并后学校的保卫工作逐步走上了稳定、发展的轨道，为确保学校健康、快速和稳定的发展提供了有力的保障。
为了创建一个安全文明校园，营造一个读书育人环境，充分发挥一级职能部门的作用，作为部门党政领导，周阿亚同志深感重任压肩。工作中，充分发挥基层组织领导集体的核心作用，发扬民主，群策群力，总揽全局。任职以来，带领全体干部、职工，积极做好学校的综合治理、政保、治安、消防、交通、生产等安全工作和大型活动的保障工作，加强校园规范管理，打击违法乱纪。几年来，查破各类案件几百起，消除重大安全隐患几十处，抓获嫌疑人近百人，为学校挽回经济损失百万元。特别是今年“5.8”案件查破中，周阿亚同志带领导治安科与公安部门共同奋点8个昼夜，使电气学院被盗的40台电脑主机和20台液晶显示器如数追回，仅此就为学校挽回经济损失近16万元。
为了加强地方的治安综合治理工作，创建一个良好的校园周边环境，周阿亚同志在积极配合地方公安、工商、消防、卫生、电信等部门做好各项整治工作的同时，带领处室干部，经常深入校园周边了解情况，积极参与地方的群众性活动，密切好周边关系，进一步融洽周边干群感情。几年来，带领全处干部、职工，按照上级的指示，在公安部门、安全部门的指导下，积极协助、配合开展专项工作，为打击违法犯罪，维护社会治安作出了重大贡献。同时，配合省、市政保部门做好学校原“法轮功”重点人头的帮教转化工作，确保了帮教转化工作的深入进行，杜绝反弹，为彻底取缔“法轮功”作出了不懈的努力。由于各项工作成绩的突出，周阿亚同志连续三年被市公安部门、安全部门评为先进个人，2006年被江苏省政府评为全省维护国家安全先进个人。
由于保卫岗位的特殊性，工作中机动性和定位性很强，要求干部、职工要有较强服务意识和无私的奉献精神，在平时工作中，周阿亚同志不计较个人得失，任劳任怨，踏踏实实地完成本职工作，因为要做到这一点，作为一个部门的领导，表率作用很重要。比如在去年的在菜场整治工作中，他不怕得罪人，第一个敢于与行动，带领导同志们一起开展工作。在毕业生离校、新生报到以及其他大型活动保障中，与同志们一道工作，直至活动圆满结束。总之，无论是在完成上级赋予的任务中，还是在部门的日常工作中，要求下属做到的，自己首先做到，在群众中做好表率，领好头，带好队。
保卫部门的职能能否充分发挥，防范机制是关键。周阿亚同志针对校园面积的增大和学生人数增多的现状，结合学生公寓社会化管理，就校园的安全防范模式进行了实践性的创新，在改变原有的大循环防范模式，实行分片（区）管理同时，根据案发规律，调整了夜间巡逻的工作时间，将主要精力集中在学生宿舍熄灯后至凌晨的防范，缩小防范范围，确定重点防范部位，实行辖区责任制，主要倾向于学生宿舍区的管理和服务。同时，由于新校区的建设，为确保学生宿舍区的安全稳定，根据新校区的建设情况，在主要路口及进行重点防范，设立治安点，划分好防范范围，指定负责人对指定的防范区域进行不间断的巡查和管理。为使分片（区）管理工作更加完善，确实能起到以点带面的效果，在各治安点落实责任的同时，实行干部带班制。每天干部值班制（24小时），负责对当天校内发生问题的处置和对各治安点的督查。经过细致的研究和讨论，新的防范模式具有较强的操作性和可行性，实践表明，分片区管理已是学校安全防范发展必然趋势。
为了适应学校“超常轨，跨跃式”发展的要求，做好新形势下多校区高校的安全保卫工作，周阿亚同志在总结多年管理经验的基础上，十分注重理论研究。工作之余，查阅大量的资料搜集素材，并到兄弟院校调研、交流，探讨新形势下高校安全保卫的发展趋势和现行高校安全管理中的难点、对策。撰写高校安全保卫学术论文多篇，2003年《试析学分制与校园安全管理》论文被省高教保卫学会评为优秀论文二等奖；2004年《浅议高校安全保卫工作改革的方向》被省高教保卫学会评为优秀论文一等奖。